与冥王哈迪斯惨烈战斗终于结束，世界再次回到光明之中。但对于圣斗士来说，却伤亡何其惨重。黄金圣斗士全部阵亡，星矢虽然在最后的决战中侥幸逃生，却落得五感尽失，形同废人。然而，这来之不易的和平却无法持续太久，在经历了撒加叛乱、海神波塞冬、冥王哈迪斯等危机之后，另一支邪恶之手也向人类世界伸来。这便是太阳神阿波罗——女神雅典娜的哥哥。他此番带领神斗士前来，企图将人类消灭。对于雅典娜及其麾下的圣斗士来说，这是前所未有的大危机……
兵王秦阳未婚妻叶沁遭遇未知巨兽惨死。顾平邀请他参与叶沁生前科研。但顾平却在利用叶沁的研究成果背地里结合未知巨兽的基因，造出“零号”龙形生物。富有智慧的龙形生物，再加上靠吞噬进化的域外巨兽，城市大战，一触即发……
文静的Rose从事女性时装工作，希望成为一名设计师。一次交通事故毁坏了她的脸。她接受了实验性的干细胞治疗，使她比以往更强壮、更漂亮——但也有副作用。
2020年，伊利亚作为世界上最大的机器人公司VA企业的首席执行官，推出了最强大的发明-克洛诺斯，一台超级计算机，用以结束所有战争。克洛诺斯一上线时，便消灭了全世界人类"感染"。97年后，安德鲁和卡丽雅，发誓要找到最后的人类净土-极光之城...
