G-Force定下了新的对G方法，名叫T计划。由大久保博士提出，内容是利用心灵感应控制哥斯拉，然後利用新发明能分开攻击的新莫基拉消灭哥斯拉，而同一时间有一只和哥斯拉一样拥有G细胞的宇宙怪兽太空哥斯拉正从太空飞来准备袭击地球，原来在1992年摩斯拉一役後，摩斯拉飞上太空时连同G细胞一同带往太空并和一些不知名物质结合後形成太空哥斯拉。人类到底能否逃过哥斯拉及太空哥斯拉的危机……
理查德博士（尤安•格瑞福德 Ioan Gruffudd 饰）的科学梦想即将实现！他将飞往宇宙风暴的中心，揭开人类基因的密码。同行的还有，项目赞助人冯•杜姆（朱利安•麦克马洪 Julian McMahon 饰）、宇航员本•格林姆（麦克•切克里斯 Michael Chiklis 饰）、博士的前女友苏•斯通（杰西卡•阿尔芭 Jessica Alba 饰）以及她弟弟约翰尼•斯通（克里斯•埃文斯 Chris Evans 饰）。
