在他们的结婚五周年纪念日，Sitio 和 Ana 开始在他们同一层楼的电梯里争吵。两人在情感上和身体上都陷入困境，他们必须共同努力找到出路
世纪60、70年代，美苏两大发达国家进行了一场震惊世界的军事竞赛。为了赢得未来星球大战的制空权，两国相继将宇航员送入外太空。美国方面，在1972年以前先后发射了17艘宇航飞船前往月球，然而阿波罗18号却在飞行前夕被紧急叫停。根据最新解密的录像，本杰明·安德森（Warren Christie 饰）、内森·沃克（Lloyd Owen 饰）和约翰·格雷（Ryan Robbins 饰）三名宇航员以采集样本的名义登上了阿波罗18号，于1974年飞赴月球，进行为期一周的考察。本杰明和内森着陆月球，却接连发现奇怪的现象：不明身份者留下的脚印、惨死的苏联先行者以及各种奇怪的声音和若隐若现的生物。这不啻为一次无法回头的死亡之旅
冷战时期，布鲁斯·班纳（艾瑞克·巴纳 Eric Bana 饰）的父亲是美军的一位科学家，致力于研究通过基因改造让人类获得超强的能力，想以此为美军打造超级士兵。可是他的项目没有获得美军的支持，不能进行人体试验，疯狂的父亲为了完成试验就在刚出生的班纳身上进行基因试验。多年后，班纳成为了出色的科学家，专职为军方开发新型的高能炸弹。在一次例行的试验中，由于操作失误，班纳为了保护同事，受到了一场伽马射线的强力辐射。常人如果在这场射线爆炸下肯定必死无疑，可是班纳却活了下来。多年前，父亲在其身上做的试验也因这场核辐射生效。一旦班纳发怒时，就会诱发身体里的神秘力量，变为毫无意识的绿巨人，拥有超强的破坏力和反抗意识。因此，美国军方为了深入研究，开始围追堵截绿巨人……
继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物，并深刻影响了人类世界的命运。
