在医院工作的山际辰雄（染谷将太 饰）和悦子（夏帆 饰）是一对恩爱的小夫妻。近一段时间，辰雄时常望着窗外发愣，令妻子分外不安。与此同时，悦子所在的工厂同事浅川美雪（岸井雪乃 饰）出现异样，她声称总在家中看到男性幽灵，但那却是她在世的亲生父亲。悦子将美雪送到丈夫的医院检查，结果发现美雪完全丧失了“家人”的概念。在医院时，悦子还遇到了辰雄的好友真壁医生（东出昌大 饰），而对方给她留下了十分不好的感受。渐渐她发现，辰雄与真壁之间似乎有着某种联系，两人更秘密在进行着什么。
爱丽丝（米拉·乔沃维奇 Milla Jovovich 饰）重回在东京，向安布雷拉公司复仇。后者潜藏在地球的底部，威斯克（肖恩·罗伯茨 Shawn Roberts 饰）执行着自以为是的安 全技术标准。爱丽丝闯入了禁区，直捣黄龙。而威斯克竟然不惜毁灭城市做困兽斗。最终，当他驾驶着直升机逃离时，却被爱丽丝胁迫，情急之下，他向爱丽丝身上注入了具有对T细胞的免疫病毒，令她丧失了超能力，只能驾机飞翔荒无人烟的阿拉斯加。地球上已经177天没有生命迹象。然而，爱丽丝却意外发现了克莱尔（艾丽·拉特 Ali Larter 饰）。她们循着阿卡迪亚信号，回到了地狱之城，满眼的僵尸令人触目惊心。迎接她们的是同样听到信号的幸存者。在神秘犯人克里斯（文特沃斯·米勒 Wentworth Miller 饰）的帮助下，她们向阿卡迪亚之船进发……
2013年，肖恩·米勒失踪了四天。七年后，一群纪录片制作人开始寻找失踪原因。
故事紧接《科学怪人》结尾火烧科学怪人场面，弗兰肯斯坦和他制造的科学怪人都活了下来，科学怪人并没有像博士想象的那样杀死……弗兰肯斯坦决定洗手不干，但另一位疯狂的科学家怪博士找到弗兰肯斯坦要合作造个女人，并绑架他的妻子作为威胁。弗兰肯斯坦只好答应。科学怪人逃生后，历经险阻最终与怪博士相遇，三人在古堡中期待科学怪人的新娘诞生……
